祝总骧在接受我们为他写这本传记时，就要求我们写出《西游记》那样的曲折动人。他说的意思很明白，唐僧师徒四人西天取经经历了九九八十一难，而他在对经络学研究事业也经历了许多难，最让他刻骨铭心的这个难：
1999年7月12日，祝教授一个人呆在那间办公室里。中心的工作人员都下班回家了，惟有他一个人在凌乱不堪地斗室里来回踱步。他的心里非常憋闷，犹如一个人置身于密封严实的容器中似的，空气极其稀薄，让人感到窒息。他抓起笔，在台灯下，写下了这篇题为《欲将经络的研究引向何方？！——评国家中医药管理局“祝总骧经络研究学术观点座谈会会议纪要”》：
1998年12月12日国家中医药管理局将一份‘祝总骧经络研究学术观点座谈会会议纪要’(以下简称‘纪要’)报给国家科技部。这份‘纪要’事先既未和专家们协商也未通知祝总骧本人，事后直到今天也未敢发给大家。当专家们从有关方面看到这份‘纪要’后，感到十分诧异：作为一个政府职能部门居然能够发出这样不负责任、歪曲事实、弄虚作假的红头文件，实在令人费解。参加了这次座谈会的李志超教授指出：中医局经络办公室写出的‘纪要’是少数行政官员编造出来的，这是一种欺上瞒下、弄虚作假的行为，应当予以纠正。
国家中医局经络办公室为什么要歪曲事实，弄虚作假?
原因是：1998年12月11日在国家科技部主持下召开了‘祝总骧教授经络研究的学术观点座谈会’(下简称‘座谈会’)。会上祝教授和专家们对中医局提出了恳切的、直率的批评，指出国家中医局在领导‘经络的研究’攀登项目存在严重的方向性错误，要点如下：
第一，经络研究的客观定位，长期以来受到国家中医局的排斥。
经络物理学家李志超教授指出：定位与不定位是区分真伪科学的分水岭。祝总骧教授等在‘座谈会’上报告：25年来，经过万例以上人和动物实验证明，古典经络学图谱完全可以用祝教授等创建的三种生理、生物物理学方法加以客观定位，其宽度在l毫米以内。90年，李志超教授实验室已经用低电击穿阈值特性证实了经络低电阻抗现象的机理，并指出现在至少国内外已有17个独立实验室验证了祝教授的科学定位法。说明祝教授的定位法是经得起推敲和考验的事实。申漳教授也在会上强调经络客观定位的重要性，指出：既然祝教授的定位方法已经被许多研究人员验证和重复，但迄今还未被国家中医局所认可，不知有什么理由?李、申二位教授说：我们的意见为什么在‘纪要’上只字不提?
第二，国家中医局对我国大量关于经络运行血气的研究成果置若罔闻。
祝教授在报告中指出当前国际经络研究的一股主流是经络运行血气的研究。他指出国内外大量工作证明是经络具有运行多种能量、信息和物质的功能通道，而中医局不能理解。例如经络是声信的传导通道，是离子波动的通道，是同位素运行的的通道，微小搏动通道等。这些重大进展现已纷纷下马不予立顶。‘纪要’歪曲吕老的发言说什么‘祝总骧先生过去的研究中对有关研究结果的生理功能重视不足’，而实际上正相反，吕老的发言是‘现在祝教授发现了几种血气运行现象，说明经络的功能不同于神经，应当做下去’。
第三，国家中医局只知有神经不知经络有实质。
祝教授在报告了国内外大量研究和他自己的结果后指出，现在已经到了应当把经络的实质列为‘经络的研究’的主攻方向的时候了。经络低流阻通道、结缔组织与液晶、针刺引起钙离子、二氧化碳波动、钙库、微小搏动和经络结缔组织、经络神经、经络血管、经络神经元等的发现都说明经络是有其特殊的物质基础的。总之，经络研究的形势要求我们应当沿着围绕三维定位探讨经络血气运行及其实质这一正确方向继续攀登。
由此可见，国家中医局的‘纪要’之所以不敢正视现实，歪曲祝教授和专家们的意见，其根本原因是中医局长期以来否定经络的客观定位，否定经络是‘行血气’的通道，否定经络具有特殊的实质，而是一味追求理论认为经络本无实质，不过是一种古人无知的神经现象的反映而已，从而把大部份经费投入到神经系统在循经感传现象、体表内脏相关的老路上，为西方医学增加一点点点缀而已。显然，国家中医局的方向是：要继续将经络研究引向西方医学神经论的轨道。江泽民主席指出：中国的医药学在世界上独树一帜，经络科学就是中国医学的核心理论，而这一核心理论到今天西方科学毫无所知。要振兴中化，宏扬中国传统医学就必须要批判中医局的错误方向，把经络科学研究引向我国医学的‘独树一帜’的方向上来，为国争光，为民造福！
1999年7月12日
祝教授将这篇言词犀利的文章写上最后一个句号时，浑身上下都透湿了。虽然他的斗室里有空调，但是他的心里却窝着一股火，这股火一点一点儿地蔓延，似乎要把他整个人要燃烧起来似的。
他的头脑里常常迸出这么一个问题：“欲将经络的研究引向何方？他烦燥不安地逐字逐句地读着国家中医药管理局于1998年12月12日印发的“祝总骧经络研究学术观点座谈会议纪要：“1998年12月11日上午，在中国中医研究院针灸研究所，由科技部基础研究司重大项目处主持就祝总骧先生有关经络研究的学术观点召开了一次专家座谈会。卫生部原中医司司长吕炳奎先生、中国中医研究院原副院长王雪苔研究员、中国中医研究院中医基础所所长孟庆云研究员、中日友好医院临术医学研究所副所长叶智文研究员、中国国际科学中心申漳研究员、中国中医研究院针灸研究所庄鼎研究员、李志超研究员，‘九五’攀登计划预选项目‘经络的研究’首席科学家邓良月教授和谢益宽研究员、专家季员朱兵研究员、黄龙祥研究员等有关专家，以及科技部基础研究司副司长邵立勤、重大项目处处长马宏建、国家中医药管理局科教司副司长刘保延、基础研究处处长洪净、经络研究办公室常务副主任陈振荣等管理人员参加了会议。
按照会议程序，首先由祝总骧先生有关的学术观点和研究方法中存在的问题进行了深入讨论和具体分析，如对于‘表皮角质层一毫米宽的凹陷是低阻抗的原因’这一论点，与会专家都认为在研究方法和结论的合理性方面存在很多问题，证据不充分，经不起推敲；与祝总骧先生过去那种把经络局限在表皮1毫米宽的提法相比，现在这种多层次的几个通道的提法已有很多修正，但对于人体这样一个有机的整体，很难想象存在几个互不相干的独立通道（且不论其通道的科学性如何）……”
当祝总骧看到“五项“总结时，不由得对国家中药管理局经络办公室印发的这份纪要感到非常愤怒，他认为这种行为属于不负责任地歪曲事实，不尊重一位老科学家数十年呕心沥血的科研成果，阻碍了科学的研究发展与创新。
他接着往下看：“与会专家们认为，祝总骧先生的观点之所以存在很大争议，而且中医界和科学界反对的人很多，主要有以下几个方面的原因：
1．什么是经络：《黄帝内经》以及其他典籍中对经络的论述就存在不同的学说，且有非常详尽的论述。而由于祝先生学术观点的相关中医文献依据不足，给中医界专家的印象是既不符合中医理论，也不符合中医临床的实际情况。
2．经脉循行线与经穴连线的异同问题：祝先生一再陈述自己的研究是按《黄帝内经》对经络的论述为基础的，而在具体研究中却未能尊重内经的描述，仅参照‘针灸铜人’的经穴连线图(或为教学方便而画的经穴连线示意图)为依据，机械地将有关研究结果与这个示意图对照，虽然表面上看研究结果非常符合‘古典经络图’，实际上与中医对经脉循行的认识相违背，而且那种认为‘所有经脉线只有l毫米’的绝对比提法，也不符合基本的逻辑和科学规范。
3．结构与功能的问题：正如吕炳奎先生所指出的，经络研究应注重功能，而祝总骧先生过去的研究中对有关研究结果的生理功能考虑不足，虽然在近几年的研究中已有所改善，仍存在不少问题。
4．方法学的问题：虽然大家对研究中定位问题有一些不同的认识，都有自己的定位方法，但方法学的可靠应该是最基本前提。祝先生在研究结果中引入l毫米的宽度问题，而所采用检测手段的精度却达不到l毫米，进而大家对这个与1毫米有关的结论产生质疑。
5．在宣传上的实事求是：一些新闻媒体在祝总骧先生有关研究结果的宣传报道中常使用‘已揭开经络之谜’等不切实际的说法，引起中医界和科学界很多人的反感和误解。
八五’项目专家委会顾闻王雪苔研究员在总结发言中指出：经络的客观检测和定位同题，早在‘六五’期间就已提出，国家‘七五’攻关计划中的课题也是以客观检测和定位为主的，在‘八五’期间的攀登计划研究中仍作为一个方面设立了不少课题，而且在专家委员会的分工中也正是由我负责联系这几个有关客观检测的课题，应该说在‘八五’期间的研究中，整个项目中包括客观检测在内的大多数课题都有显著的进展和很好的苗头，对一些问题的研究也比过去深入了很多。从经络研究目前所处的阶段来说，设置的课题如果能涉及面广一些，对将来研究的发展有利，但‘九五’期间从“有限经费、有限目标”的原则出发，只能优中选优，集中力量解决一部分问题。而对于其他那些未选上的课题，并不意味着否定或反对。现在如果还要从照顾出发再支持一些课题，我认为还有一些未选上的课题在方法论等方面要比这个课题要好得多，首先应该考虑的是那些立论依据和方法论更可靠的课题。
科技部马宏建处长和国家中医药局刘保延副司长在会议结束时指出，这次讨论会开得很好，内容涉及到经络研究的很多方面，不只对祝总骧先生的研究有帮助，也会对整个经络研究工作起到一定的促进作用，以后可以多进行一些交流。通过学术讨论，有利于促进学术的发展。对这次会议不做统一的评价，主要是通过交流和讨论，使国家‘九五’攀登预选项目能够及时吸收合理的内容，保证项目的正确方向。
国家中医药管理局经络研究办公室
一九九八年十二月十二日
祝教授在《欲将经络的研究引向何方？！——评国家中医药管理局“祝总骧经络研究学术观点座谈会会议纪要》一文说到：“作为一个政府职能部门居然能够发出这样不负责任、歪曲事实、弄虚作假的红头文件……”是有确凿根据的，并非他信口雌黄。
据参加此次座谈会的原卫生部中医管理局局长、主任医师吕炳奎的在发言中说：“1998年12月11日‘祝总骧经络研究学术观点讨论会’上，我的发言要点如下：
（一）几千年前，中国医学发现了经络系统、并创立了经络学说，为人类的医疗保健作出了伟大的贡献。现在祝总骧教授用现代科学方法对古人发现的十四经脉进行客观定位，证实了经络的存在，这一成就在中医现代化研究当然有重大价值，应当让他继续搞下去。
（二）古人对经络的研究着重在生理功能，即经络的血气运行方面。现在祝教授发现了几种血气运行现象，说明中医的经络不同于神经，应当继续做。
（三）科学需要发展，人体功能很多（如嗅觉和味觉），至今还不能用仪器测定。所以经络研究应当允许不同学派存在，不能因为祝教授的学术观点与有些人不同而被排斥在‘九五’之外。只有实行双百方针，才能加速经络功能和实质的探讨。”
中国中医研究院教授、经络学专家李志超是这样评价祝教授有关经络科学研究的：
1. 祝教授的三种定位方法是经过国内外十七个独立实验室、包括国家攀登、国家攻关、国家自然基金实验室及英国、美国、匈牙利的翁泰来、李志超、李定忠、张维波、穆祥、于船、张如心、胡翔龙、赵学英、郝金凯、刘扬、刘桂华、Fraser、Eory、冯宝兰、钟新淮等专家实验验证应用，并取得成果的，已被科学界所公认共识。“九五”祝教授的经络研究工作当然应当继续。一切没有做过同类实验的‘外道、外行’、仅凭自己头脑中的认识屏障，凭对新闻宣传的一知半解，妄加怀疑、指责、评判是很滑稽的。会上对祝教授的发言一再打断究问，是蛮横无理的，对此学霸行为提出异议。
2．科学是多样性知识体系的综合，应允许对经络实质与经络现象、神经与非神经、证实与证伪，两线攀登。要充分发扬学术民主，以背靠背的方式用外行‘评审’内行是错误的。
3．定位与不定位是区分真伪科学的分水岭。李志超实验室90年用实验证实了经络低电阻抗现象的机理是低电击穿阈值特性、举出四种可能的产生原因，有关实验支持了祝教授的角质层薄的说法。
4．“八五”、“九五”经络攀登的主攻方向，变幻无常，把许多新的成果苗头砍掉，而对“等温经络线”这样公认的伪经络研究丑闻反而继续支持，说明主管部门中医局科研管理上还很不成熟。排斥歧视祝教授等重要科研进展是错误的。
5．当首席科学家邓良月二次强调‘中医界反对祝总骧观点’，李志超当即反问：中医界谁反对祝总骧?有什么根据?邓无言以对。
6．关于中医局经络办公室写出的‘纪要’是少数行政官员编造出来的，事前未经与专家协商同意，事后又不敢分发给与会专家，只递送科技部，这是一种欺上瞒下的弄虚作假的行为，应予以纠正。
中国中医研究院教授李志超
1999年2月15日
据参加座谈会的中国国际科学中心申漳教授于1999年2月21日，对于国家中医药管理局经络办公室印发的‘祝总骧学术观点座谈会会纪要’，出于一位科学家的良知，毅然提起笔来，澄清这个事实，让这件事大白于天下。申漳说：
1．我和李志超教授在1998年12月11日由国家科技部和国家中医药管理局主持召开的‘祝总骧经络研究学术观点讨论会’(以下简称‘讨论会’)会上谈了经络客观检测和定位的重要性，并说祝教授使用的定位方法已经被许多研究人员所重复和验证，但是到目前为止还没有得到专家委员会和中医局的认可。希望能对定位方法和14条经脉线的位置作一科学结论，也就是明确回答几个问题：有没有科学的定位方法?如果有是什么样的方法?14条经脉线有没有确定位置?如果有是如何定的?在什么样的位置上?1998年12月12日，由国家中医局发出的‘祝总骧学术观点座谈会会议纪要’(以下简称‘纪要’)没有反映我的这一意见。祝教授的工作‘九五’当然应当继续做。
2．我曾在‘讨论会’会上提出，应该把‘九五’期间的课题计划按是否定位及指导思想进行分类。可以分为不定位的研究(无法证明这类研究是在研究经络)；定位，但是以神经或血管理论为指导的研究，或者说是在证明经络是神经的研究；定位，以新思想为指导的研究，如低流阻、液晶等。这样分类后，‘九五’经络研究的情况就一目了然。‘纪要’没有反映我这一意见，‘纪要’上写王雪苔在总结发言如何如何，而实际上没有人宣布他是在做总结发言。
3．我在‘讨论会’会上强调人经络研究与气功研究相结合的重要性，我的观点得到王雪苔等人的支持，‘纪要’没有反映此观点。
中国国际科学中心教授申漳
1999年2月21日
自从祝教授遭遇“会议纪要事件”后，情绪很不稳定。他常常一个人把自己关在一间斗室里，在这样的思考、困感中熬过一个个痛苦不堪的不眠之夜。
他想到古往今来的贤人志士、科学家为了捍卫科学的真理，与一切权利、地位、名誉、世俗等等垒制的堡垒做不屈不挠的斗争。他们都有一种不甘居平庸的性格，他们都有一种不畏惧权贵的叛逆或反潮流精神，他们都有一种先天下之忧而忧，后天下之乐而乐的伟大胸怀……
司马迁遭阉割秉笔直言而写出不朽的彪炳千秋的《史记》；孙子遭膑脚而修兵法。还有国外的希帕蒂亚、富尔维持、布鲁诺三位科学家为捍卫科学真理而殉难的的悲壮的故事，这些古往今来的贤人志士、科学家的故事，让祝总骧常常拍案叫绝。他想：“科学的大道不是一帆风顺的，所谓科学的大道是一种无形的无边无沿的天梯，通往成功之巅，是一切毅力、耐力与艰险和牺牲的较量。”而马克思却认为“在科学之路上，只有不畏惧艰难困苦的人，才有可能攀登上成功之巅！”
他在日记里写下了这么一段话：“如果科学需要献身才能捍卫的话，那么即便让我粉身碎骨，我也在所不惜。但是科学真理的大旗绝对不能倒下！”这就是倔强、乐观又无畏的祝总骧。他是一个很有个性的科学家。
