1986年，是祝总骧的经络课题组最困难的一年，中科院生物物里所把他们开了出来，科研经费都被冻结了，他们处于进退两难的境地。天无绝人之路。有一年春节，北京市人民政府在日潭宾馆召开团拜会，祝总骧作为知名科学家应邀出席。当时陈希同担任北京市长。祝总骧借此良机遂向陈希同汇报经络课题组面临的困难局面，请求市政府给予资金的帮助。陈希同听了汇报对祝总骧说：“你打一个报告，我们再认真研究一下，再给你一个满意的答复！”报告送交给市政府那些日子里，祝总骧望穿秋水一般地等待着佳音。二个月后，陈希同在祝总骧的批告中写出以下批示：“宝森，此事是一项善举，希望市财政给予支持！”就这样北京市政府给批了10万元作为经络科研经费。至今徐瑞民回忆起这段往事时还极为幽默地说：“两个臭名昭著的大贪官在我们最为困难的时候能够从政府的角度对祖国中医事业的支持，可以说是‘慧眼识珍珠’呀，堪称为‘伯乐’啊……”
     北京市政府拨来10万元科研经费后，祝总骧又犯难了，这么多的钱搁哪儿呢？搁在自己的口袋里也不合适呀！北京市卫生局人事处处长张革退休后，由他牵头组建了“北京市振兴中医药基金会”，关幼波为会长，他为秘书长。祝总骧与张革商讨“基金会”作为自己单位的挂靠单位事宜，两人一拍即合，遂于1986年成立了“北京市振兴中医药基金会经络生物物理研究中心”，祝总骧担任主任。此后“研究中心”的款可以拨到“基金会”账号，需要用款时，由张革审核签字，加盖“基金会”公章，再到北京市卫生局财务处去报销。这么多繁锁的手续，使得“研究中心”用钱很不方便，在加上又受“基金会”的制约，工作很难开展下去。
     1995年，祝总骧委派徐瑞民去找时任国家中医药管理局副局长田景富反映以上的情况。田景富给徐瑞民支招，国家允许办民营科研院所，你们可以到东城区工商局去了解一下国家这方面的政策。徐瑞民回来把田景富的意见和祝总骧一说，祝总骧也认为这个办法可行，他催促徐瑞民抓紧落实这件事。徐瑞民便到北京市科委办理了有关手续，北京市科委很快给批了。不料，徐瑞民不了解情况，径自到东城区工商局注册成立了北京炎黄经络研究中心，事后他一个劲儿地后悔地说自己粗枝大叶，到工商局去办，就办成企业性质了，“研究中心”是民营事业单位呀，如果到市人事局去办就好了……
     说起来，祝总骧所在的经络课题组还曾经有三番五次被扫地出门的遭遇。那时候，地处北池子大街2号的宣仁庙，为北京中医院管辖。北京中医院见北京市政府给祝总骧盖了200平方米的房子，着实为之眼红。北京中医院针灸科当时在宣仁庙里。针灸科的人以宣仁庙里的房子产权为中医院所有为由，要把他们赶走。祝总骧死扛着愣是不搬走，北京中医院针灸科见祝总骧这样死扛着，只好作出妥协，仅给一间房子供他们使用，其余的房子都给占用了。
     有一年“五一国际劳动节”，北京市中医院针灸科打着爱国卫生运动的幌子趁祝总骧和他的同事们都外出搞实验的机会，擅自把放在大殿里的实验仪器等都一股脑儿地搬出大殿里头，任凭风吹雨淋。祝总骧和同事们外出搞实验回来后，看见自己的心爱的实验仪器被扔到露天下，心疼得直掉眼泪。一向谦和、儒雅的祝总骧再也不能沉默了，他忍不住心中这口恶气，连忙吩咐徐瑞民到北京卫生局去反映情况。徐瑞民不敢怠慢，赶到卫生局得知局领导都在地处颐和园的市卫生局培训中心开会了。徐瑞民找到时任北京市卫生局局长刘俊田后，刘俊田让中医局办公室主任给中医院打电话，作出给扔在大殿处的实验仪器用大苫布给盖上的决定。
     1993年，北京中医院针灸科从宣仁庙里搬迁至地处宽街的地方了，北京中医药管理局却搬来了。相安无事没几年，北京市卫生局局党委开了一次会议，主题是让祝总骧的“研究中心”搬出宣仁庙。而北京中医药管理局张局长却和市卫生局党委唱了一出反调：“现在搞中医的人不多了，祝总骧原来是搞西医的，转为中医，他为我国经络研究事业做出过很大的贡献，我作为中医药管理局局长凭什么把他轰走？只要我这个局长任职一天，就不能把祝总骧轰走！”张局长说的话还真管用，至今祝总骧和他的“研究中心”还在那里工作。