青年时代的祝总骧领悟到自己的人生理想和信念：只有和祖国与民族的兴衰荣辱融合在一起，人活着才有所价值……

     
     祝总骧1923年2月出生于江苏吴县，（今为苏州市）。当他谈及自己的祖藉时，印象中的祖藉仅仅是一个符号或者是一个代码似的，并没有在记忆深处留下什么印痕。
     其父祝纪藩17时岁离开家乡到北平（今北京）求学，毕业于京师学堂化学系（今北京大学的前身），早期在郁文中学、北洋政府陆军部担任化学教师；后期祝纪藩为全家老小生活着想改行做会计师，常为“同仁堂”、“瑞蚨祥”以及倒闭的银行清算账目。由于祝纪藩的改行，使得当时的家境还算殷实，不但在北京东四牌楼11条购置了一幢四合院，而且还有一定的经济实力供养四个子女上大学。祝总骧和二个哥哥及一个姐姐深受父亲的影响，皆注重理科，大哥曾毕业于北平大学工学院机械系，二哥毕业于中华大学化学系，姐姐毕业于北平大学数学系。
     祝总骧在少年时代是个不太酷爱读书的孩子，十分的贪玩，常常喜欢养鸽子呀、养鸟呀什么的。而他的父亲也常责备他玩物丧志。由于他的哥哥、姐姐们皆学有所成，父亲因此对他不抱什么希望，任其我行我素。祝总骧就是这样稀里糊涂地度过了他的少年时代。1939年，他考上了中国大学化学系。走进大学校园后，祝总骧这才深信“业精于勤，荒于嬉”（唐•韩愈《进学解》）的道理。他在大三时，得到了孟昭威、张子高、蔡馏生三位教授的谆谆教诲。其中孟昭威教授曾经告诫他道：“总骧，你要发愤读书呀！到了中国大学要刻苦学习，掌握一门技术，才能在社会上有个立足之本呀！”
     三位教授对他的谆谆教诲，使得他如醍醐灌顶一般受益匪浅，对他以后的成长及人生观、世界观和科学观的形成起到了非常大的作用。
     那时候，祝总骧常思忖着这么一个问题：人活着究竟是为了什么？终于他经过三位教授的谆谆教诲，在加上自己对人生的理解，体悟出社会的进步是科学技术的进步，科学技术能够解决人类命运和前途的问题。为此在他的头脑里形成了人生观、世界及科学观的雏形，即致力于科学研究，投身于科学救国，为国家、民族乃至整个人类的科技进步贡献自己毕生的智慧和力量。
     1943年，祝总骧大学毕业后，日寇的铁蹄践踏北平这一方皇天厚土，北平遭到沧陷。在那兵荒马乱的岁月里，又岂能是草木皆兵，秋毫无犯？年轻的祝总骧不由得对自己当初的科学救国的思想感到滑稽可笑，他迷惘了……他背起行李，决意要到抗日战争的大后方——重庆去，去寻找光明和真理。当时他对国民党政府还报有一些幻想，认为国民党政府能够带领劳苦大众赶走日寇，让劳苦大众从此过上太平安乐的日子。在这样的思想支配下，时年21岁的祝总骧跟着一位商人辗转二个月才到了重庆。到了重庆后，他便开始在天厨味精厂工作，从事从淀粉提取出葡萄糖的科学研究。没过多久，他又来到重庆炼油厂，从事植物油、桐油提炼成汽油科研工作。
     1945年，中国人民经过8年的浴血奋战，日本天皇裕仁在东京宣布无条件投降，中国人民终于取得了抗日战争的胜利。在这个时代的变迁下，祝总骧受国民党政府的派遣，从重庆辗转到上海，接收日本在上海开办的炼油厂，嗣后，他又被派遣到台湾新竹研究所从事石油副产品的科研工作，也就是在那个时候，祝总骧认为自己能够幸运地用自己在大学所学到的知识，运用到实际生产中并得已广泛运用而从内心深处感到格外的欣慰，继而感觉自己很适合从事科学研究工作。这一段人生经历，对于培养祝总骧的创造性思维及独立思考的科研能力打下了极为坚实的基础。
     1947年，祝总骧从台湾回归到祖国的怀抱。对于自己今后的人生道路该如何去走，祝总骧并没有迷惘和徬徨，而是决意改行，他认为从事石油科研工作既单调，又枯燥无味，于是他从化学转到生理学科研领域，认为这个科研领域才是自己今后施展才华的理想天地。于是他来到北京医学院生理系。对于自己的改行，祝总骧认为自己走这条路走得对，没有选择错。在北京医学院，他一方面教书益人，一方面从事生理学研究。
     1954年至1955年，祝总骧调至中医研究院从事生理研究，在这段历史时期，毛主席提出“知识分子的思想需要加以改造”的号召。作为一位旧时代的知识分子的祝总骧还去过中南海的怀仁堂聆听过周总理的报告。周总理在报告中严肃地批评当时的知识分子“科学救国论”及个人英雄主义的思想是错误的。让祝总骧哭笑不得的是自己和其他的老师们身为老师还要接受学生们帮助思想改造，心理上一时还不能接受这个现实。但是知识分子需要改造思想是毛主席提出的，他和其他老师们也不得不放下老师的架子，更何况孔夫子曾云“三人行，必有我师”的遗训。
     恩格斯有句名言：“凡是真的东西，都经得住火的考验；一切假的东西，我们甘愿与它们一刀二断。”处于这个时候的祝总骧不得不对自己青年时代树立起的人生观、世界观及科学观，进行认真的审视。他是这样对人生思考的：科学技术能够决人类前途问题，然而却仅仅局限在科学技术上；如果一个人失去科研工作的动力，也就没有什么太大的作为了；单靠一个人的成就，又岂能够建设社会主义国家？继而，他为自己青年时代的“个人英雄主义，科学救国论等因素促成组合的人生观、世界观及科学观产生了动摇，领悟到自己的人生理想和信念只有和祖国和民旅的兴衰荣辱融合在一起，那么人才活着有所价值。之后他的这种崇高的人生观、世界观及科学观一直支配他的言行。